Pfff sin oír ni puta idea, pero ya puestos a dar diagnósticos yo digo que:
1) El chirrido, si se produce al arrancar el motor, días de lluvia... apuesto dinero a que es la correa del alternador, que patina sobre la polea del cigüeñal que la mueve. Probablemente esté gastada. En el R1200 OHV creo recordar que se cambiaba cada 60.000km.
Está tras la tapa que hay en la parte delantera del motor, quítala y echa un vistazo a ver como está. A diferencia de las Oilhead, los R1200 OHV y DOHC tienen fijo el alternador, de forma que no hay que destensar y tensar después. La nueva correa se mete a presión en las poleas (hablo de memoria, pero creo que en Continental es la PK611 ELAST).
Se cambia en un rato, puedes hacerlo tú sólo. Quita las bujías para que no haya compresión, y luego tienes que hacer girar el motor, bien con una llave de vaso, o bien con alguien que te eche un cable girando la rueda trasera en 5ª o 6ª a cambio de cervezas.
Colocas la correa en la polea del alternador, la estiras y embocas hasta la del cigüeñal, y la vas metiendo a presión haciendo girar el motor (siempre en sentido horario, visto desde delante, a la derecha vamos), lo que hará girar la polea. Mucho ojo a los dedos. Evidentemente ni se te ocurra usar el botón de arranque. Hay una herramienta especial de BMW, pero la verdad es que no me hizo falta, y si yo pude, puede cualquiera.
2) El ruido a disco que roza yo creo que es precisamente eso, un disco de freno que roza. Técnicamente discos y pastillas siempre se están rozando, ya que no hay nada que les obligue a separarse físicamente. Si empujas la motocicleta con el motor parado se puede oír fácilmente . Si levantases la motocicleta y girases las ruedas en vació, podrías oír ese ligero roce aún mejor. Si das impulso a la rueda con la mano y da 3/4 de giro o así, es aceptable. Es normal que se frene un poco, por el rozamiento. Si en cambio da media vuelta o menos, ya sería demasiado y habría que mirarlo porque en ningún caso la rueda debe quedarse frenada. El ruido es un leve roce metálico, nada más. Si es exagerado tendrás que investigar más.
Observa el nivel del líquido de frenos, en ocasiones la gente añade aceite a los depósitos de reserva sin darse cuenta de que ha bajado porque las pastillas se van gastando y los pistones sobresalen más. Si en ese momento las pones nuevas, el líquido de frenos volvería a su nivel original. Pero si al ver el líquido bajo añades, y luego cambias las pastillas, el nivel sube demasiado en el depósito de reserva al retraerse los pistones. Al no tener a donde ir, se genera presión de frenado.
Con esto concluye mi apuesta adivinatoria sobre cacofonías de hoy ?
Edito: pon alguna foto de la moto, que las R1200C molan un montón.