Por partes. Para ver los waypoints enviados desde BaseCamp (los que hayas enviado en formato GPX) tienes que ir a la opción Guardados, pulsar en el menú (botón con 3 rayas horizontales, arriba a la derecha) e Importar. Te mostrará aquelos waypoints que ha recibido, los selecciona y los incorpora a Guardados. A partir de ahí, apareceran en las búsquedas o listados en Guardados
En cuanto a waypoints y POIs, no hay una forma de añador y waypoints a la colección de POIs de BaseCamp. Pero lo que si se puede es reutilizar un waypoint en cualquier otra lista. Lo que yo hago es guardar una copia de todos ls waypoints que voy a utilizar en el futuro (por ejemplo, los puertos de montaña) en una carpeta / lista concreta (que, casualmente, llamo POIs). Cuando lo quiero reutilizar, me voy a esa carpeta, selecciono los que me interesan, y hago una nueva copia en la lista en la que estoy trabajando. La copia se puede hacer, en un paso, usando la función "Enviar a ..." y seleccionando la lista de destino. Tb funciona el Ctrl+C / Ctrl+V de toda la vida).